In den April- und Maitagen 1945 hatte Oberösterreich die Funktion einer Etappe hinter der Ostfront und wurde zugleich Westfront und noch immer Flüchtlingsdurchzugs- und Aufnahmeland. Es herrschte ein chaotisches Durcheinander von militärischer, Partei- und Verwaltungszuständigkeit. Politische und militärische Maßnahmen von Rendulic und Eigruber, der ja auch Reichsverteidigungskommissar von Oberdonau war, überschnitten sich.
Die Alliierten hatten bereits verschiedene Pläne zur Teilung und Besetzung Österreichs. Militärischer Widerstand konnte ihnen kaum mehr geleistet werden. Und so wurde das diplomatische Tauziehen um die künftige Österreich-Politik bald von der militärischen Entwicklung und der De-facto-Besatzung überholt.
Ende April 1945 standen die Sowjetarmee und die Amerikaner vor den Grenzen Oberösterreichs. Die sowjetischen Truppen hatten bereits am 29. März 1945 österreichischen Boden betreten, stellten ihr rasches Vordringen und ihre Westoffensive zunächst aber Mitte April mit Erreichen der Traisenlinie in Niederösterreich ein.
Die amerikanischen Truppen marschierten zwar erst einen Monat später (am 28. April in Tirol) in Österreich ein, besetzten aber noch vor den sowjetischen Truppen in der ersten Maiwoche (zwischen 30. April und 7. Mai) mit Ausnahme der östlichen Landesteile ganz Oberösterreich. Dabei drangen die ersten Divisionen von der bayerisch-oberösterreichischen Grenze aus vorwiegend über das Mühlviertel (Kollerschlag – Neufelden – Walding bzw. Zwettl – Haselgraben) nach Linz vor. Vereinzelt kam es zu kleineren lokalen Kämpfen. Der Linzer Kreisleiter Franz Danzer und der wegen seiner Englischkenntnisse beigezogene Chirurg Fritz Rosenauer führten am 4. Mai in Rottenegg mit den Amerikanern Gespräche zur Übergabe von Linz. Die gewünschte bedingungslose Kapitulation der militärischen Führung durch den Linzer Stadtkommandanten General Alfred Kuzmany fand nicht statt. Dennoch blieb ein Angriff auf Linz aus. Am 5. Mai gegen Mittag nahmen die ersten US-Truppen die Stadt kampflos ein.
Erst zwischen dem 10. und 12. Mai besetzten sowjetische Einheiten das Gebiet östlich der Demarkationslinie: 42 Gemeinden im Mühlviertel, acht Gemeinden östlich der Enns sowie die Steyrer Stadtteile Münichholz und Ennsleiten. Später erreichten die sowjetischen Truppen durch lokale Verhandlungen noch eine Verschiebung der Demarkationslinie im Mühlviertel nach Westen bis zur Bundesstraße Linz-Freistadt, wodurch die Gemeinden Wartberg und Neumarkt geteilt wurden. Diese Demarkationslinie war bis Ende Juli die gültige Zonengrenze. Die von der Zonengrenze zerschnittenen Bezirke Perg und Freistadt sollten verwaltungsmäßig Niederösterreich angegliedert werden. Die provisorische Landesregierung Niederösterreichs setzte einen Bezirkshauptmann für Perg ein. Am 5. Juni wurde der Übergang an der Enns gesperrt.
Doch die sowjetischen Truppen strebten die Besetzung des gesamten Mühlviertels an, um die tschechoslowakische Grenze und die Donauschifffahrt kontrollieren zu können. Am 9. Juli beschloss die Europäische Beratungskommission in London die endgültige Aufteilung Österreichs in vier Besatzungszonen. Das ganze Mühlviertel wurde nun sowjetische, das Gebiet südlich der Donau amerikanische Besatzungszone. In den letzten Julitagen räumten die amerikanischen Truppen das Mühlviertel und die sowjetischen Truppen das Gebiet östlich der Enns. In der ersten Augustwoche besetzten sowjetische Soldaten das gesamte Mühlviertel und sperrten die Nibelungenbrücke. Die Zonengrenzen konnten von der oberösterreichischen Bevölkerung zunächst gar nicht, später nur mit Passierschein und schließlich mit einem viersprachigen Identitätsausweis überschritten werden.
